Родился 21 апреля (3 мая) 1870 года в Москве в семье известного терапевта Николая Александровича Погожева (ум. в 1902 году), несколько лет преподававшего в Московском университете и на медицинском поприще заслужившего личное дворянство. Мать Лидия Николаевна происходила из знатной семьи; известно, что её восприемниками были генерал Д. С. Левшин и княгиня Н. В. Оболенская.
В 1887 году Е. Н. Погожев окончил с золотой медалью 1-ю московскую гимназию, год спустя поступил на юридический факультет Московского университета. За несколько месяцев до этого, побывав в Оптиной пустыни, он стал духовным сыном старца Амвросия, благословившим его «писать в защиту Веры, Церкви и Народности».
В 1892 году, по завершении университета выпустил книги «Ясные дни» и «Повесть о том, как чудом Божиим строилась Русская земля», которые преподнёс Александру III. Беллетристические опыты дебютанта поддержал великий князь Константин Константинович, в литературе известный под псевдонимом «К. Р.».
В 1893 году он переселился в Царское Село (позже в Петербург) и поступил в канцелярию 2-го (крестьянского) департамента Сената. Через 5 лет перешел в Комитет по делам печати, числясь по министерству юстиции. В 1903—1904 годах работал в Канцелярии Российской Императорской Академии наук. Получил чин статского советника.
В 1904 году женился на Наталии Грот, дочери известного филолога Якова Грота. Брак оказался непрочным и через полгода распался: между супругами были серьезные разногласия во взглядах. Многие годы Евгений Николаевич болезненно переживал случившееся.
В 1904 году призван на военную службу как прапорщик запаса, но в боевых действиях не участвовал. 1913 году — чиновник особых поручений в Главном управлении землеустройства и земледелия. В том же году Евгений Николаевич был удостоен потомственного дворянства.
С апреля 1918 по декабрь того же года работал в страховом Обществе; затем сотрудничал в Отделе охраны и учета памятников искусства и старины (декабрь 1918 — апрель 1922). Потеряв работу, с весны 1922 года давал частные уроки. В 1924—1925 годах выслан в Восточную Сибирь.
В декабре 1930 года был арестован и 13 февраля 1931 года расстрелян.
